Die Geschichte des eigentlichen Krankenhauswesens der Stadt beginnt mit der Verlegung der kurfürstlichen Universität nach Landshut und dem Einzug der medizinischen Fakultät im Jahr 1800. Um diese Zeit begann sich auch das Krankenhaus in der uns heute geläufigen Form als Behandlungsstätte durchzusetzen.
Das klinische Universitätsinstitut brachte man anfangs im alten Stadtbruderkrankenhaus im Heiliggeistspital unter, ohne zunächst einzelne Institute differenzieren zu können.
Ab 1802/03 befanden sich die Fachrichtungen Chirurgie und Innere Medizin im Liebsbundkrankenhaus, später im Haus des ehem. Landschaftspräsidenten in der Oberen Länd. Die sog. Gebäranstalt hatte ab 1806 in der Jägerstraße (Dominikanernebenhaus), später in der Spiegelgasse 209 ihre Räumlichkeiten.
Durch Dekret König Ludwigs I. wurde im Jahre 1826 die Universität nach München verlegt. Das Städt. Allgem. Krankenhaus in der Länd verlor damit seinen Status als Universitätsklinik; die vom Staate besoldeten Professoren verließen Landshut und mussten durch private Ärzte ersetzt werden.